Un(e) Ingénieur bio-informatique -génomes complets h/f

MISSIONS PRINCIPALES : concevoir des chaînes de traitement des données de séquençage de génomes complets, incluant la recherche de variants simples et structuraux et optimiser ces dernières en mémoire et temps de calcul. Implémenter ces méthodes à travers des outils logiciels accessibles selon différentes modalités. Mettre en oeuvre ces outils en collaboration avec les équipes utilisant les technologies correspondantes dans leurs études scientifiques et cliniques. MISSIONS SECONDAIRES : travailler en interaction avec le pôle « Informatique Scientifique » et l'Institut Français de Bio-informatique pour le déploiement des solutions développées, et avec le pôle « Bases de données et Datawarehouse » pour l'intégration des données génomiques avec d'autres types d'informations.

SAVOIR-FAIRE
? Le/la candidat/e pourra faire valoir une expertise solide en génie logiciel, et aura une expérience d'un an minimum dans le traitement de données génomiques, idéalement en contexte biomédical.
?
SAVOIR
Titulaire d'un Master ou diplôme d'ingénieur en (bio-) informatique Pratique et niveau de langues. Il/elle possédera les compétences suivantes :
Maîtrise des environnements UNIX (shell), des principaux concepts en algorithmique et structure de données, et de plusieurs langages de programmation (notamment langages de scripts et R)
Connaissance opérationnelle des méthodes et outils d'analyse de données génomiques à haut débit et des bases de données génomiques publiques
Une connaissance des méthodologies d'optimisation et de parallélisation de calculs, des gestionnaires de « workflow », des technologies Web et des approches cloud constituera un plus
Anglais technique (écrit et oral)
SAVOIR-ETRE
Autonome, faisant preuve de rigueur méthodologique, de capacités de synthèse et de rédaction, et d'esprit d'initiative, le/la candidat/e saura travailler en équipe et en environnement multidisciplinaire.

L'Institut IHU-A-ICM est une Fondation de Coopération Scientifique qui regroupe les expertises scientifiques et médicales de quatre partenaires publics (AP-HP, CNRS, INSERM et UPMC) et privés (ICM et IFRAD). Notre mission est de développer des nouvelles stratégies thérapeutiques, des formations, des découvertes afin d'améliorer la prise en charge et de ralentir ou réparer les lésions des maladies du système nerveux. L'IHU-A-ICM est localisé dans le plus grand hôpital européen, dans l'université de premier rang en France et son activité de recherche est regroupé à l'ICM qui offre un environnement unique associant des plates-formes technologiques, un espace d'accueil industriel et un centre d'investigation clinique. Cet environnement permet à l'IHU-A-ICM d'attirer les meilleures équipes internationales.

Site web : http://www.icm-institute.org