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Bio-informaticien(ne) - Data Manager
Ile de France, Paris (75013) - Référence : Data manager CIC-31188228
Mis en ligne le 19 septembre 2019 par Rosalie Calvert (+ d'offres)
ICM
Type de contrat :CDD
Métier :Informatique générale
Type d'entreprise :Autre type d'entreprise (client final)
Localisation :Ile de France, Paris (75013)
Salaire :de 30 000 €/an à 50 000 €/an
Télétravail :Pas de télétravail
Poste à pourvoir
Un contrat de bioinformaticien(ne)-Data Manager est proposé pour une durée de 1 an dans l'équipe "Bases moléculaire et physiopathologiques de la maladie de Parkinson" dirigée par le Dr Olga Corti et le Pr Jean-Christophe Corvol à l'ICM.
Sous la supervision du Pr Corvol, le poste intègre un projet de recherche novateur de stratification des patients atteints de la maladie de Parkinson (MP) et des personnes à risque de la développer.
La MP est une maladie neurodégénérative fréquente, complexe et invalidante, présentant une charge personnelle, sociétale et financière croissante. La population des patients parkinsoniens est très hétérogène, avec des profils de progression de la maladie multiples. Le traitement symptomatique est efficace mais il n'existe aucun traitement pouvant arrêter ou ralentir le processus neurodégénératif, qui débute des décennies avant que les symptômes cliniques ne soient observés. La biologie sous-jacente de la maladie, la variation phénotypique et le profil de risque génétique des patients doivent être explorés pour la mise en ?uvre d'interventions thérapeutiques personnalisées.
L'objectif du projet PD-Strat (« Multi-dimensional stratification of Parkinson's disease patients for personalised interventions ») est d'identifier des sous-groupes de patients parkinsoniens et de sujets à risque de développer la maladie, sur la base de mécanismes moléculaires. Les profils multidimensionnels cliniques, génétiques/génomiques et biologiques établis permettront le développement de modèles prédictifs de risque et progression de la maladie. Les cohortes de précision générées seront utilisées dans le cadre de recherches cliniques mises en ?uvre pour tester des interventions thérapeutiques personnalisées.
En collaboration directe avec la plateforme de Bioinformatique/Biostatistique de l'ICM (iCONICS) dirigée par Ivan Moszer, vous aurez pour mission le traitement d'ensembles de données -cliniques, biologiques et génomiques- provenant de cohortes existantes, qui seront analysés pour répondre aux objectifs du projet. Vous assurerez la mise en ?uvre et le suivi de l'intégralité du circuit des données sélectionnées pour le projet, de leur collecte à leur mise à disposition, et serez garant de leur qualité.
MISSIONS PRINCIPALES
* Collecte, curation, traçabilité des données
* Contrôle qualité, imputation, harmonisation des données génétiques/génomiques
(WES, puces de génotypage, méthylome)
* Participation à la définition et à l'implémentation d'une base de données clinico-génétique
* Contribution au développement d'outils ou d'interfaces de requête
* Participation aux analyses des données et rédaction d'articles
Sous la supervision du Pr Corvol, le poste intègre un projet de recherche novateur de stratification des patients atteints de la maladie de Parkinson (MP) et des personnes à risque de la développer.
La MP est une maladie neurodégénérative fréquente, complexe et invalidante, présentant une charge personnelle, sociétale et financière croissante. La population des patients parkinsoniens est très hétérogène, avec des profils de progression de la maladie multiples. Le traitement symptomatique est efficace mais il n'existe aucun traitement pouvant arrêter ou ralentir le processus neurodégénératif, qui débute des décennies avant que les symptômes cliniques ne soient observés. La biologie sous-jacente de la maladie, la variation phénotypique et le profil de risque génétique des patients doivent être explorés pour la mise en ?uvre d'interventions thérapeutiques personnalisées.
L'objectif du projet PD-Strat (« Multi-dimensional stratification of Parkinson's disease patients for personalised interventions ») est d'identifier des sous-groupes de patients parkinsoniens et de sujets à risque de développer la maladie, sur la base de mécanismes moléculaires. Les profils multidimensionnels cliniques, génétiques/génomiques et biologiques établis permettront le développement de modèles prédictifs de risque et progression de la maladie. Les cohortes de précision générées seront utilisées dans le cadre de recherches cliniques mises en ?uvre pour tester des interventions thérapeutiques personnalisées.
En collaboration directe avec la plateforme de Bioinformatique/Biostatistique de l'ICM (iCONICS) dirigée par Ivan Moszer, vous aurez pour mission le traitement d'ensembles de données -cliniques, biologiques et génomiques- provenant de cohortes existantes, qui seront analysés pour répondre aux objectifs du projet. Vous assurerez la mise en ?uvre et le suivi de l'intégralité du circuit des données sélectionnées pour le projet, de leur collecte à leur mise à disposition, et serez garant de leur qualité.
MISSIONS PRINCIPALES
* Collecte, curation, traçabilité des données
* Contrôle qualité, imputation, harmonisation des données génétiques/génomiques
(WES, puces de génotypage, méthylome)
* Participation à la définition et à l'implémentation d'une base de données clinico-génétique
* Contribution au développement d'outils ou d'interfaces de requête
* Participation aux analyses des données et rédaction d'articles
Profil recherché
Niveau d'études souhaité : Bac + 5
Expérience souhaitée : 2 - 3 ans
SAVOIR-FAIRE
* Expérience significative en traitement et analyse de données génétiques/génomiques : intégration, contrôle-qualité, imputation
* Expérience en traitement de données cliniques : data management, cohérence des données, qualité
* Expérience en gestion et exploitation de base de données : modèles de données, requêtes
SAVOIR
* Formation de niveau Master en Bioinformatique
* Environnement Linux
* Expertise en Bash, Python, SQL, R?
* Connaissance des formats et méthodes inhérents aux données génétiques
* Anglais lu, écrit, parlé
SAVOIR-ETRE
* Autonomie
* Rigueur méthodologique
* Sens de l'organisation et de la démarche qualité
* Travail en équipe et en environnement multidisciplinaire : interaction avec les chercheurs et les cliniciens de l'ICM, collaboration avec le personnel de la plateforme iCONICS
* Intérêt pour le domaine biomédical
Expérience souhaitée : 2 - 3 ans
SAVOIR-FAIRE
* Expérience significative en traitement et analyse de données génétiques/génomiques : intégration, contrôle-qualité, imputation
* Expérience en traitement de données cliniques : data management, cohérence des données, qualité
* Expérience en gestion et exploitation de base de données : modèles de données, requêtes
SAVOIR
* Formation de niveau Master en Bioinformatique
* Environnement Linux
* Expertise en Bash, Python, SQL, R?
* Connaissance des formats et méthodes inhérents aux données génétiques
* Anglais lu, écrit, parlé
SAVOIR-ETRE
* Autonomie
* Rigueur méthodologique
* Sens de l'organisation et de la démarche qualité
* Travail en équipe et en environnement multidisciplinaire : interaction avec les chercheurs et les cliniciens de l'ICM, collaboration avec le personnel de la plateforme iCONICS
* Intérêt pour le domaine biomédical
Description de la société
L'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière est une Fondation reconnue d'utilité publique en septembre 2006 dont l'objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 600 chercheurs et scientifiques couvrant l'ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d'accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau, et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc.