Développeur informatique pour la bioinformatique
Midi Pyrénées, Toulouse (31000) - Référence : Développeur informatique pour la bioinfo
Mis en ligne le 29 janvier 2018 par nonaM34 (+ d'offres)
IUCT-Oncopole, CHU ToulouseType de contrat :CDD
Métier :Développeur informatique
Type d'entreprise :Autre type d'entreprise (client final)
Localisation :Midi Pyrénées, Toulouse (31000)
Salaire :de 25 000 €/an à 30 000 €/an
Télétravail :Pas de télétravail
Compétences requises :GWT, Hibernate, HPC, JavaEE, PHP, Tests unitaires
Poste à pourvoir
Qualification : niveau bac+3 en développement informatique ou bioinformatique orienté développements.
Description générale de l'activité
Au sein de la plate-forme de bioinformatique de l’IUCT, le développeur participera :
• aux développements informatiques nécessaires à la plate-forme pour ses analyses, son organisation et son évolution vers des nouvelles technologies
• au support des bioinformaticiens dans leurs développements et choix technologiques
Une partie de son activité permettra à la plate-forme de se diriger vers des nouvelles technologies telles le big-data.
Description des tâches
1 - Développement
• Développement, optimisation, tests, maintenance, évolution de la base de données permettant de gérer les runs de séquençage sur l’ensemble des séquenceurs de l’IUCT et du CHU. Cette application gère un run depuis la configuration des échantillons à passer jusqu’au rendu des résultats.
• Développement, maintenance, évolution du système de gestion da laboratoire du l’UGM (Myelomaspace)
• Participation à l’implémentation et la mise en place des outils et des chaines de traitement des analyses NGS
• Participation aux projets de développement logiciels conduits par la plate-forme
• Installation et gestion d’une solution d’archivage
• Mise en place de tests hebdomadaires de non régression sur l’ensemble des pipelines
2 - Conseil et analyse
• Test et benchmark de solutions utilisant des nouvelles technologies
• Mise en place de bonnes pratiques et transmission aux bioinformaticiens
• Support technique pour les développements réalisés par les bioinformaticiens
• Conseil et optimisation des algorithmes mis en place par la bioinformatique
3 - Formation
• Formation des utilisateurs aux outils développés
• Formation des bioinformaticiens aux technologies innovantes testées
4 - Veille et ouverture
• Veille technologique sur les outils informatiques nécessaire à la bio-informatique
Description générale de l'activité
Au sein de la plate-forme de bioinformatique de l’IUCT, le développeur participera :
• aux développements informatiques nécessaires à la plate-forme pour ses analyses, son organisation et son évolution vers des nouvelles technologies
• au support des bioinformaticiens dans leurs développements et choix technologiques
Une partie de son activité permettra à la plate-forme de se diriger vers des nouvelles technologies telles le big-data.
Description des tâches
1 - Développement
• Développement, optimisation, tests, maintenance, évolution de la base de données permettant de gérer les runs de séquençage sur l’ensemble des séquenceurs de l’IUCT et du CHU. Cette application gère un run depuis la configuration des échantillons à passer jusqu’au rendu des résultats.
• Développement, maintenance, évolution du système de gestion da laboratoire du l’UGM (Myelomaspace)
• Participation à l’implémentation et la mise en place des outils et des chaines de traitement des analyses NGS
• Participation aux projets de développement logiciels conduits par la plate-forme
• Installation et gestion d’une solution d’archivage
• Mise en place de tests hebdomadaires de non régression sur l’ensemble des pipelines
2 - Conseil et analyse
• Test et benchmark de solutions utilisant des nouvelles technologies
• Mise en place de bonnes pratiques et transmission aux bioinformaticiens
• Support technique pour les développements réalisés par les bioinformaticiens
• Conseil et optimisation des algorithmes mis en place par la bioinformatique
3 - Formation
• Formation des utilisateurs aux outils développés
• Formation des bioinformaticiens aux technologies innovantes testées
4 - Veille et ouverture
• Veille technologique sur les outils informatiques nécessaire à la bio-informatique
Profil recherché
• Savoir concevoir et modéliser une solution informatique, à partir d'un besoin métier
• Savoir concevoir, actualiser, optimiser une base de données
• Avoir une excellente connaissance de plusieurs langages informatiques en particulier Java (J2EE, GWT), Python, PHP (EXT JS, Silex, Propel)
• Programmer dans différents environnements informatiques en particulier sur une structure de type HPC
• Posséder de bonnes pratiques de développement informatiques (gestion de version via Git, tests unitaires, fonctionnels et applicatifs…) amenant la production d’un code fiable
• Connaissance des environnements virtuels (VM et Singularity ou Docker)
• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles.
• Rechercher, sélectionner, exploiter et capitaliser les informations liées à la veille dans son domaine d'activité
• Être en adéquation aux valeurs du secteur de la santé
• Savoir concevoir, actualiser, optimiser une base de données
• Avoir une excellente connaissance de plusieurs langages informatiques en particulier Java (J2EE, GWT), Python, PHP (EXT JS, Silex, Propel)
• Programmer dans différents environnements informatiques en particulier sur une structure de type HPC
• Posséder de bonnes pratiques de développement informatiques (gestion de version via Git, tests unitaires, fonctionnels et applicatifs…) amenant la production d’un code fiable
• Connaissance des environnements virtuels (VM et Singularity ou Docker)
• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles.
• Rechercher, sélectionner, exploiter et capitaliser les informations liées à la veille dans son domaine d'activité
• Être en adéquation aux valeurs du secteur de la santé
Description de la société
L'Institut universitaire de Toulouse Oncopole est composé de l'Institut Claudius Regaud et de plusieurs services d'oncologie du CHU de Toulouse. 1400 salariés mobilisent leur savoir faire pour une prise en charge optimale.
Site web : https://www.iuct-oncopole.fr/
Site web : https://www.iuct-oncopole.fr/