Segmentation d’images optiques de racines in situ par réseaux neuronaux profonds

Le/La canditat(e) travaillera au sein d’une équipe pluridisciplinaire composée d’écophysiologistes spécialistes du développement racinaire et d’informaticiens spécialistes en traitement d’images pour le développement d’applications scientifiques. Il/Elle sera recruté(e) par la SATTaxlr (Société Accélératrice de Transfert Technologique) mais sera accueilli(e) au sein de l’équipe I2P (Imagerie pour les Plantes et les Paysages) de l’UMR Amap. Il/Elle bénéficiera d’un encadrement de qualité en Ecologie, Agronomie et Informatique scientifique lui permettant de mener sa mission à bien. Cette mission de 6 mois débutera dans le courant du 1er trimestre 2018, vraisemblablement entre début février et fin mars 2018. Le/La canditat(e) retenu(e) devra évaluer et adapter un (ou plusieurs) réseau(x) de neurones profond(s) (convolutif ou récurrent) pour la segmentation d’images de racines in situ. On entend ici par segmentation tant la séparation des constituants de l’image (racines, mycorhizes et mycélium, eau, air, etc.) que la qualification de leur statut (vivant, mort). La dynamique de la croissance de la racine sera abordée à travers le traitement de série d’images temporelles. Les jeux de données annotées seront constitués en collaboration avec les écophysiologistes.

Pour plus détails, voir http://amap-dev.cirad.fr/attachments/download/1430/offre_CDD_Scanorhizes-diffusee.pdf

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) ou un(e) post-doctorant(e) junior(e), voire sénior(e), fortement motivé(e) par l’analyse de données visuelles, par la bio-informatique ou par l’éco-informatique avec une expérience solide en développement et/ou utilisation de classification par apprentissage automatique (Machine Learning, Deep learning) et/ou en vision par ordinateur (Computer Vision). Le/La candidat(e) devra être curieux/se, ouvert(e) d’esprit, autonome, rigoureux/se et pertinent(e) dans ses réflexions et la conduite de son travail : il/elle devra être capable de s’intégrer à l’équipe d’accueil et à ses pratiques, notamment en termes de traçabilité et de valorisation.
Un fort intérêt pour les recherches collaboratives, interdisciplinaires et appliquées est exigé et nécessaire pour la bonne conduite des tâches qui devront être réalisées, qu’ils s’agissent de tâches prospectives, expérimentales ou finalisées. Par ailleurs, le candidat devra être à même d’apporter un soutien technique aux équipes applicatives (écophysiologistes) si le besoin s’en faisait sentir.
Un doctorat ou une expérience avérée en informatique scientifique, bio-informatique ou mathématique appliquée est requis : applications finalisées et publications de bonne qualité seront un plus pour illustrer la capacité du candidat à valoriser son travail.

Centre de coopération Internationale de Recherche pour le Développement

Site web : http://www.cirad.fr