Ingénieur.e de recherche bioinformatique H/F

Le poste à pourvoir est un poste de bioinformaticien au sein du Hub de bioinformatique et biostatistique de l'Institut Pasteur 4. Le candidat retenu sera détaché à 80% sur la plateforme Biomics pour renforcer le groupe existant de bioinformaticiens. Vos tâches principales comprendront :
(1) la gestion des projets NGS dans toute sa diversité (recherche de variants, assemblages génomiques, analyse différentielle, etc.) de la conception au rapport final.
(2) le développement de logiciels d'analyse bioinformatique , en particulier dans le cadre de Sequana (https://sequana.readthedocs.io). Voici une liste non exhaustive des tâches:

Fournir des conseils et un soutien lors de la réunion de lancement pour planifier à l'avance l'analyse bioinformatique. Cela est essentiel pour anticiper les besoins en termes de conception expérimentale par exemple.
Effectuer une analyse primaire et secondaire (de la conception expérimentale au rapport final de l'analyse bioinformatique).
Développement logiciel dédié à l'analyse des données générées au sein de la plateforme.
Participation à des conférences nationales et internationales et à des groupes de travail.
Participation à des publications avec nos collaborateurs ou au sein de l'équipe en tant que partenaire actif
Contrôle qualité et gestion des données

Comme tous les autres membres détachés du Hub, le candidat retenu également passer 20% de son temps à des activités dédiés au Hub. Il / elle participera aux tâches collaboratives du Hub telles que des formations, les portes ouvertes ou les réunions d'équipe .

[4] https://research.pasteur.fr/en/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/

Niveau d'études souhaité : Bac + 5
Expérience souhaitée : 3 - 4 ans

Une expérience dans une structure de service sera fortement avantageuse. Une expérience dans l'ingénierie et le développement de logiciels professionnels, ainsi que dans l'analyse de données et les stratégies de partage de données seront des atouts.

Compétences essentielles:

Etre un développeur Python excellent et enthousiaste. En effet, la plupart de nos pipelines et logiciels ont été développés en framework Python et Snakemake.

Avoir de bonnes pratiques de développement logiciel est indispensable

Avoir Excellentes compétences en communication pour interagir avec des informaticiens, des biologistes, des bioinformaticiens, etc.

Compétences non indispensables mais recommandée pour le poste

Aimer le développement de logiciels

Apprécier la diversité des projets qui seront disponibles dans ce poste

Avoir une bonne connaissance de l'anglais

Avoir des connaissances et / ou expériences des cadres de reproductibilité tels que Docker et Singularity

Avoir des compétences en modélisation statistique, apprentissage profond, apprentissage automatique, optimisation, etc.

Les types de données que nous prévoyons actuellement peuvent inclure des données de séquençage à haut débit, l'épigénétique, la génomique, la métagénomique, etc. Votre expertise contribuera à façonner le groupe de partage de données et de laboratoire sec et vous serez en mesure d'apprendre et de partager vos connaissances au sein de la plateforme Biomics.

Niveau d'étude
Niveau Master ou plus en bioinformatique, biologies computationnelle or data science.

Vous devez avoir une forte aptitude à travailler en équipe et une capacité à interagir avec des chercheurs de nombreux domaines, dont la biologie, la physique, les mathématiques et l'informatique. Une personnalité amicale et ouverte et d'excellentes compétences en communication seront nécessaires, tout comme la capacité de travailler de manière indépendante.

Le Hub et l'Institut Pasteur s'engage à promouvoir la parité, les candidatures féminines sont encouragées

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L'Institut Pasteur, Institut de recherche Interdisciplinaire et Internationale contribue depuis 127 ans à l'histoire de la science, de la médecine et de la santé publique avec une immense renommée. Fidèle à l'esprit humaniste de son fondateur, l'Institut Pasteur défend le caractère avant-gardiste nécessaire à la conduite de recherches biomédicales de pointe.