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Ingénieur bioinformatique « gbif-inpn-sib »

Ile de France, Paris (75005) - Référence : INGENIEUR BIOINFORMATIQUE « GBIF-INPN-SIB »
Mis en ligne le 13 février 2019 par matclair (+ d'offres)
Muséum National d’Histoire Naturelle
Type de contrat :CDD
Métier :Développeur Web
Type d'entreprise :Autre type d'entreprise (client final)
Localisation :Ile de France, Paris (75005)
Télétravail :Pas de télétravail
Compétences requises :Cassandra, CSS3, Grails, Groovy, HTML, Java, Javascript, Oracle, PHP, SolR, Spring MVC, SQL
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Poste à pourvoir

L'Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (UMR ISYEB, du CNRS, MNHN, SU et EPHE) a pour objectif d'étudier l'origine de la biodiversité, la diversification et l'évolution des taxons dans le temps et dans l'espace par des approches intégratives. C'est le plus grand pôle de taxonomie en France. Ses personnels gèrent la moitié des collections du MNHN. L'unité est impliquée dans les grands programmes internationaux tels que le GBIF. Le poste sera rattaché à cette unité, et le travail mené conjointement avec l'UMS PatriNat, et au sein de l'UMS avec le pôle « Applications informatiques » et l'équipe GBIF France en priorité.

L’Unité Mixte du Service Patrimoine Naturel (UMS PatriNat de l’AFB, MNHN et CNRS) est le centre d’expertise et de données sur la nature créé en 2017. Cette unité est chargée de l’élaboration de méthodes, référentiels, expertises et outils communs pour de nombreux acteurs de la conservation de la nature. Elle assure également la diffusion de connaissances et de données sur la nature vers tous les publics (grand publics, experts, décideurs…), notamment via un site web https://inpn.mnhn.fr et des outils mobiles (INPN espèces). L’INPN (suite applicative) est la plate-forme nationale du Système d’Information Nature et Paysages (SINP) qui sera inclus dans le futur Système d’Information de la Biodiversité (SIB) prévu par la loi « Biodiversité » de 2016, conformément au schéma national des données de la biodiversité.
Le point nodal GBIF France a été intégré à l’UMS PatriNat lors de sa création en 2017. Le GBIF France met à disposition les outils, standards et services développés par le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) et le TDWG pour remonter ces données au niveau international et les rendre accessibles dans le portail GBIF.org.

L'Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (UMR ISYEB, du CNRS, MNHN, SU et EPHE) a pour objectif d'étudier l'origine de la biodiversité, la diversification et l'évolution des taxons dans le temps et dans l'espace par des approches intégratives. C'est le plus grand pôle de taxonomie en France. Ses personnels gèrent la moitié des collections du MNHN. L'unité est impliquée dans les grands programmes internationaux tels que le GBIF. Le poste sera rattaché à cette unité, et le travail mené conjointement avec l'UMS PatriNat, et au sein de l'UMS avec le pôle « Applications informatiques » et l'équipe GBIF France en priorité.

L’Unité Mixte du Service Patrimoine Naturel (UMS PatriNat de l’AFB, MNHN et CNRS) est le centre d’expertise et de données sur la nature créé en 2017. Cette unité est chargée de l’élaboration de méthodes, référentiels, expertises et outils communs pour de nombreux acteurs de la conservation de la nature. Elle assure également la diffusion de connaissances et de données sur la nature vers tous les publics (grand publics, experts, décideurs…), notamment via un site web http://inpn.mnhn.fr et des outils mobiles (INPN espèces). L’INPN (suite applicative) est la plate-forme nationale du Système d’Information Nature et Paysages (SINP) qui sera inclus dans le futur Système d’Information de la Biodiversité (SIB) prévu par la loi « Biodiversité » de 2016, conformément au schéma national des données de la biodiversité.
Le point nodal GBIF France a été intégré à l’UMS PatriNat lors de sa création en 2017. Le GBIF France met à disposition les outils, standards et services développés par le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) et le TDWG pour remonter ces données au niveau international et les rendre accessibles dans le portail GBIF.org.


Mission :

 Développer et maintenir les outils,
 Organiser et gérer les projets informatiques,
 Former et assister techniquement les utilisateurs notamment sur les outils du GBIF et la connexion des données,
 Participer au réseau international GBIF et au réseau national du SIB et en particulier au réseau des développeurs.

Activités principales :

 Développer, maintenir et documenter les applications web développées :
o Développer, maintenir et faire évoluer/converger le « requêteur SINP » et la plateforme GBIF France, application fondée sur Atlas of Living Australia (ALA) - GBIF
o Développer des outils pour automatiser la connexion des données entre INPN et GBIF ainsi qu’entre l’INPN et les plateformes régionales du SINP
o Participer au développement de nouveaux modules, à la maintenance et aux évolutions de la suite applicative de l’INPN, GBIF, PNDB
o Gérer ces projets informatiques en lien avec les équipes « métiers »

 Participer à la communauté technique internationale autour des modules d’Atlas of Living Australia, dénommée communauté LA « Living Atlases »:
o Participer à l’activité de la communauté en participant aux groupes de travail et aux développements
o Former et venir en aide techniquement aux utilisateurs,
o Aider à déployer ces modules au niveau national et dans le cadre de partenariat avec les pays du Sud
 Présenter les activités de l’UMS, notamment le projet « Living Atlases », dans différents congrès, séminaires et ateliers (nationaux ou internationaux)
Cette liste d’activité n’est pas exhaustive. L’agent pourra réaliser d’autres tâches confiées par son responsable. Des déplacements (missions courtes en France et à l’International) sont à prévoir.

Profil recherché

Connaissances :

 Connaissance dans les technologies liées aux web-services (REST, JSON)
 Connaissance en gestion / pilotage de projet informatique
 Très bonne maitrise de l’anglais oral et écrit
 Connaissances scientifiques des enjeux liés à la biodiversité
 Connaissance des standards de données nationaux/internationaux de la biodiversité

Savoir-faire opérationnel :

 Langages : Groovy, Java, SQL, Javascript, HTML, CSS 3, PHP
 Frameworks : Grails, CakePHP, SPRING MVC
 SGBD: Oracle, MySQL, PostgreSQL, Cassandra. Indexation : SolR
 IDE : IntelliJ, Eclipse
 Administration Système : Linux/Ubuntu Server / Windows
 Rédaction de documentation technique et fonctionnelle

Savoir-être professionnel :

 Organisé(e) et autonome
 Savoir s’auto-former sur des sujets techniques et fonctionnels
 Sens de la communication et de la pédagogie (formation, réseaux sociaux, etc.)
 Adaptable et travail en équipe
 Esprit d’initiative

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