Développeur Applications Recherche Clinique (DARC) - Programme RaDiCo.
Ile de France, Paris (75000) - Référence : DARC RADICO
Mis en ligne le 11 avril 2014 par radico (+ d'offres)
Inserm Programme RaDiCo
Type de contrat :CDD
Métier :Développeur informatique
Type d'entreprise :Autre type d'entreprise (client final)
Localisation :Ile de France, Paris (75000)
Salaire :30 à 35K €/an selon expérience
Télétravail :Pas de télétravail
Compétences requises :Ajax, CSS, Javascript, NoSQL, Perl, PHP, Python, SQL, Théorie des langages, UML, XML
Poste à pourvoir
MISSION ET OBJECTIFS
Sous la direction du responsable de recherche en systèmes d’information et la coordination du chef de projet système d’information cohortes, au sein du pôle de recherche SI composé de 4 à 6 personnes, le développeur réalise l’application de collecte des données (e-CRF), de stockage, de vérification des formats des données saisies, des scripts de connexions, de traitements des données et de calculs pour chaque cohorte attribuée et spécifiée. Il fabrique l’application à partir de la plateforme/suite logicielle choisie.
Missions principales :
• Il réceptionne les spécifications techniques qu’il découpe en lots de développements et qui permettent le devis de temps x homme au projet de développement. Il travaille à cela conjointement avec le chef de projet système d’information cohortes. Il propose un planning pour validation commune avec le chef de projet. Il contribue avec lui à détailler le passage des besoins fonctionnels en lots techniques de programmation AGILE. Il conserve un bon équilibre entre méthode AGILE et détails de spécification.
• Il produit les wireframes ou maquettage dynamique des écrans pour validation de l’ergonomie avant le développement. Il écrit et documente les portions de logiciels et s’applique avec son expérience à fournir du code standard, maintenable, optimisé, portable et évolutif.
• Il capitalise le travail de l’équipe Ingénierie et propose des bibliothèques de code/scripts réutilisable pour accélérer les prochains développements, augmenter la qualité et la fiabilité du code, permettre une collaboration à plusieurs développeurs et faciliter la maintenance transversale des logiciels produits chez RaDiCo. Cet actif valorise RaDiCo.
• Il effectue les tests unitaires avant la livraison des logiciels. Il collabore avec les administrateurs système pour la mise en production des logiciels sur les plateformes de productions et il assure le support de niveau 3 (correction applicative).
Sous la direction du responsable de recherche en systèmes d’information et la coordination du chef de projet système d’information cohortes, au sein du pôle de recherche SI composé de 4 à 6 personnes, le développeur réalise l’application de collecte des données (e-CRF), de stockage, de vérification des formats des données saisies, des scripts de connexions, de traitements des données et de calculs pour chaque cohorte attribuée et spécifiée. Il fabrique l’application à partir de la plateforme/suite logicielle choisie.
Missions principales :
• Il réceptionne les spécifications techniques qu’il découpe en lots de développements et qui permettent le devis de temps x homme au projet de développement. Il travaille à cela conjointement avec le chef de projet système d’information cohortes. Il propose un planning pour validation commune avec le chef de projet. Il contribue avec lui à détailler le passage des besoins fonctionnels en lots techniques de programmation AGILE. Il conserve un bon équilibre entre méthode AGILE et détails de spécification.
• Il produit les wireframes ou maquettage dynamique des écrans pour validation de l’ergonomie avant le développement. Il écrit et documente les portions de logiciels et s’applique avec son expérience à fournir du code standard, maintenable, optimisé, portable et évolutif.
• Il capitalise le travail de l’équipe Ingénierie et propose des bibliothèques de code/scripts réutilisable pour accélérer les prochains développements, augmenter la qualité et la fiabilité du code, permettre une collaboration à plusieurs développeurs et faciliter la maintenance transversale des logiciels produits chez RaDiCo. Cet actif valorise RaDiCo.
• Il effectue les tests unitaires avant la livraison des logiciels. Il collabore avec les administrateurs système pour la mise en production des logiciels sur les plateformes de productions et il assure le support de niveau 3 (correction applicative).
Profil recherché
PROFIL RECHERCHE
Formation :
- Développeur formé à la programmation d’outil de la recherche clinique et bio-statistique idéalement. Une autoformation continuelle des meilleures techniques de programmation sur une durée de quelques années sera tout autant valorisée.
- Bac +5 (type Master ou Ecole d’Ingénieur) ou Doctorat.
Expérience :
- Impérativement, développement d’applications e-CRF, pendant 3 ans au minimum.
- Dans son expérience, le candidat aura développé de 1 à 2 ans en environnement AGILE (User Stories, Kaban, GIRA, Green Hopper…). Ses applications ont été déployées en production en mode SaaS. Un passé de développeur LAMP sous framework PHP de 2 à 4 ans sera grandement apprécié.
Compétences requises :
- Maitrise des langages x-HTML, XML, SQL, CSS, PHP objet, JavaScript, Ajax, JSON et Java
- Savoir écrire des scripts PERL/PYTHON pour les cas ad hoc
- Bonne maitrise des bases de données SQL et NoSQL, de manipulation des schémas de base de donnée, de l’usage des indexes sur tables relationnelles ou à plat, du déploiement, de l’optimisation des paramètres serveur et du caching
- Bonne connaissance de la conception UML, les Uses Cases et la déclinaison des UC en classes pour son propre code.
- Aptitudes pour la programmation
- Anglais lu, parlé et écrit
Qualités requises :
- Sens de l’analyse, rigueur et esprit structuré, sens du travail en équipe.
- Curiosité pour les sciences du vivant et l’innovation médicale,
- Anglais courant, écrit et oral (RaDiCo doit s'ouvrir à l'international),
- Forte capacité d’adaptation, dans une structure à évolution rapide,
- Très bonnes qualités d’analyse, de synthèse et d’anticipation des difficultés
Rattachement / Liens Hiérarchiques/
Rattachement auprès du Responsable du pôle de recherche en système de l’information de RaDiCo
Formation :
- Développeur formé à la programmation d’outil de la recherche clinique et bio-statistique idéalement. Une autoformation continuelle des meilleures techniques de programmation sur une durée de quelques années sera tout autant valorisée.
- Bac +5 (type Master ou Ecole d’Ingénieur) ou Doctorat.
Expérience :
- Impérativement, développement d’applications e-CRF, pendant 3 ans au minimum.
- Dans son expérience, le candidat aura développé de 1 à 2 ans en environnement AGILE (User Stories, Kaban, GIRA, Green Hopper…). Ses applications ont été déployées en production en mode SaaS. Un passé de développeur LAMP sous framework PHP de 2 à 4 ans sera grandement apprécié.
Compétences requises :
- Maitrise des langages x-HTML, XML, SQL, CSS, PHP objet, JavaScript, Ajax, JSON et Java
- Savoir écrire des scripts PERL/PYTHON pour les cas ad hoc
- Bonne maitrise des bases de données SQL et NoSQL, de manipulation des schémas de base de donnée, de l’usage des indexes sur tables relationnelles ou à plat, du déploiement, de l’optimisation des paramètres serveur et du caching
- Bonne connaissance de la conception UML, les Uses Cases et la déclinaison des UC en classes pour son propre code.
- Aptitudes pour la programmation
- Anglais lu, parlé et écrit
Qualités requises :
- Sens de l’analyse, rigueur et esprit structuré, sens du travail en équipe.
- Curiosité pour les sciences du vivant et l’innovation médicale,
- Anglais courant, écrit et oral (RaDiCo doit s'ouvrir à l'international),
- Forte capacité d’adaptation, dans une structure à évolution rapide,
- Très bonnes qualités d’analyse, de synthèse et d’anticipation des difficultés
Rattachement / Liens Hiérarchiques/
Rattachement auprès du Responsable du pôle de recherche en système de l’information de RaDiCo
Description de la société
CONTEXTE
RaDiCo (Rare Disease Cohorts)
Le programme RaDiCo est financé par le Ministère de la Recherche pour 10 ans à hauteur de 10 072 118 € dans le cadre de l’appel à projets « Cohortes » des investissements d'avenir gérés par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Il vise à développer une plate-forme commune pour le suivi des cohortes maladies rares en France. Cet appel à projets « Cohortes » visait à doter la France de grands instruments épidémiologiques pour mieux comprendre les déterminants de la santé, optimiser les pratiques médicales et les politiques de santé publique.
RaDiCo, coordonné par l’Inserm, s’appuie sur le réseau des 131 centres de référence maladies rares (CRMR) et des 501 centres de compétence (CCMR) couvrant 23 groupes de maladies rares (filières), sur 54 laboratoires hospitalo-universitaires de diagnostic moléculaire, sur des centres de ressources biologiques, des laboratoires de recherche et des registres de maladies rares, ainsi que sur les associations de patients.
Les défis à relever sont liés à la dispersion des très nombreuses équipes concernées (soins et recherche, organismes de tutelle nombreux), à l’hétérogénéité des moyens alloués selon les maladies rares, et à l’hétérogénéité des systèmes d’information existants (cliniques et biologiques).
L’objectif principal de RaDiCo est le recueil prospectif de données phénotypiques extensives à des fins de recherche clinique et épidémiologique en lien avec la recherche fondamentale et translationnelle. Le phénotype est l'ensemble des caractères observables d'un individu. On appelle aussi cet ensemble le phénome. Ces données sont diverses : anatomiques, morphologiques, physiologiques, biochimiques, radiologiques, moléculaires, etc.
Les objectifs secondaires de RaDiCo sont d’établir des corrélations phénotype/génotype, de progresser dans la connaissance des mécanismes physiopathologiques, et de valider/découvrir de nouvelles pistes thérapeutiques en lien avec les partenaires industriels.
Ces données seront exploitées en concertation avec tous les acteurs impliqués : équipes soignantes, partenaires institutionnels, équipes de recherche, associations de patients ou partenaires industriels. Elles seront traitées conformément au protocole défini pour chaque cohorte. Elles permettront de :
-formuler des recommandations de prise en charge ;
- fournir des indicateurs de santé publique : facteurs de risque, incidence des maladies (nouveaux cas), degré de sévérité, de handicap, mortalité ;
- structurer les programmes de recherche destinés à améliorer les connaissances sur les maladies rares en lien avec les équipes scientifiques ;
- élaborer des recommandations pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients ;
- orienter le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques en lien avec les partenaires industriels ;
- améliorer les connaissances socioéconomiques pour une meilleure organisation de l’offre de soins.
Les données à traiter dans le cadre du programme RaDiCo sont très hétérogènes et nécessitent de nouvelles approches de traitement de l’information biomédicale. Un pôle de recherche en systèmes d’information, composé d’experts en informatique médicale et en sémantique aura la charge de développer les méthodes et les outils de demain afin de faciliter le traitement des données et des connaissances dans le domaine des maladies rares en coordination avec l’équipe BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares). Les missions de cette équipe sont les suivantes :
• La mise en œuvre d’outils de gestion de catalogues de métadonnées facilitant la mise en œuvre d’eCRF (bordereaux électroniques de recueil d’information)
• Faciliter l’interopérabilité des bases de données existantes (imagerie, génétique, cliniques) par la mise en œuvre de nouveaux modes de traitement de l’information (webservices, RFD, opendata), et construire des connecteurs entre bases existantes dans les hôpitaux
• Modéliser et mettre en œuvre des ontologies facilitant la contextualisation de l’information traitée suivant les spécialités médicales en s’appuyant sur les bases de connaissances disponibles (Orphanet, HPO, EBI, BioPortal, etc.)
• Développement et mise en œuvre de nouvelles approches d’alignement d’ontologies
L’équipe du Pôle de recherche SI sera en lien étroit avec l’équipe du Pôle de recherche clinique de RaDiCo qui a la mission de mettre en œuvre l'utilisation des outils du système d’information dans les Centres de Référence Maladies Rares impliqués, lors de l'implémentation puis de la gestion des études cliniques de cohortes RaDiCo.
Site web : www.radico.fr
RaDiCo (Rare Disease Cohorts)
Le programme RaDiCo est financé par le Ministère de la Recherche pour 10 ans à hauteur de 10 072 118 € dans le cadre de l’appel à projets « Cohortes » des investissements d'avenir gérés par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Il vise à développer une plate-forme commune pour le suivi des cohortes maladies rares en France. Cet appel à projets « Cohortes » visait à doter la France de grands instruments épidémiologiques pour mieux comprendre les déterminants de la santé, optimiser les pratiques médicales et les politiques de santé publique.
RaDiCo, coordonné par l’Inserm, s’appuie sur le réseau des 131 centres de référence maladies rares (CRMR) et des 501 centres de compétence (CCMR) couvrant 23 groupes de maladies rares (filières), sur 54 laboratoires hospitalo-universitaires de diagnostic moléculaire, sur des centres de ressources biologiques, des laboratoires de recherche et des registres de maladies rares, ainsi que sur les associations de patients.
Les défis à relever sont liés à la dispersion des très nombreuses équipes concernées (soins et recherche, organismes de tutelle nombreux), à l’hétérogénéité des moyens alloués selon les maladies rares, et à l’hétérogénéité des systèmes d’information existants (cliniques et biologiques).
L’objectif principal de RaDiCo est le recueil prospectif de données phénotypiques extensives à des fins de recherche clinique et épidémiologique en lien avec la recherche fondamentale et translationnelle. Le phénotype est l'ensemble des caractères observables d'un individu. On appelle aussi cet ensemble le phénome. Ces données sont diverses : anatomiques, morphologiques, physiologiques, biochimiques, radiologiques, moléculaires, etc.
Les objectifs secondaires de RaDiCo sont d’établir des corrélations phénotype/génotype, de progresser dans la connaissance des mécanismes physiopathologiques, et de valider/découvrir de nouvelles pistes thérapeutiques en lien avec les partenaires industriels.
Ces données seront exploitées en concertation avec tous les acteurs impliqués : équipes soignantes, partenaires institutionnels, équipes de recherche, associations de patients ou partenaires industriels. Elles seront traitées conformément au protocole défini pour chaque cohorte. Elles permettront de :
-formuler des recommandations de prise en charge ;
- fournir des indicateurs de santé publique : facteurs de risque, incidence des maladies (nouveaux cas), degré de sévérité, de handicap, mortalité ;
- structurer les programmes de recherche destinés à améliorer les connaissances sur les maladies rares en lien avec les équipes scientifiques ;
- élaborer des recommandations pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients ;
- orienter le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques en lien avec les partenaires industriels ;
- améliorer les connaissances socioéconomiques pour une meilleure organisation de l’offre de soins.
Les données à traiter dans le cadre du programme RaDiCo sont très hétérogènes et nécessitent de nouvelles approches de traitement de l’information biomédicale. Un pôle de recherche en systèmes d’information, composé d’experts en informatique médicale et en sémantique aura la charge de développer les méthodes et les outils de demain afin de faciliter le traitement des données et des connaissances dans le domaine des maladies rares en coordination avec l’équipe BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares). Les missions de cette équipe sont les suivantes :
• La mise en œuvre d’outils de gestion de catalogues de métadonnées facilitant la mise en œuvre d’eCRF (bordereaux électroniques de recueil d’information)
• Faciliter l’interopérabilité des bases de données existantes (imagerie, génétique, cliniques) par la mise en œuvre de nouveaux modes de traitement de l’information (webservices, RFD, opendata), et construire des connecteurs entre bases existantes dans les hôpitaux
• Modéliser et mettre en œuvre des ontologies facilitant la contextualisation de l’information traitée suivant les spécialités médicales en s’appuyant sur les bases de connaissances disponibles (Orphanet, HPO, EBI, BioPortal, etc.)
• Développement et mise en œuvre de nouvelles approches d’alignement d’ontologies
L’équipe du Pôle de recherche SI sera en lien étroit avec l’équipe du Pôle de recherche clinique de RaDiCo qui a la mission de mettre en œuvre l'utilisation des outils du système d’information dans les Centres de Référence Maladies Rares impliqués, lors de l'implémentation puis de la gestion des études cliniques de cohortes RaDiCo.
Site web : www.radico.fr