Stage M1/2ème année ingé – Développpement d’un outil de processing pour des données IRM

Dans le cadre de notre projet de recherche “imagerie spécifique de la myéline par transfert d’aimantation inhomogène (ihMT)”, nous acquérons un nombre important d’images qui nécessitent un pré-traitement (recalage, smoothing, corrections) ainsi qu’un processing mathématique permettant d’en extraire les paramètres pertinents. Les données sont acquises dans un contexte clinique (scanners cliniques 1.5T et 3T, sujets sains contrôles et patients) et précliniques (scanner préclinique 11.75T, animaux contrôles et modèles pathologiques). Les données sont actuellement traitées sous Matlab mais de manière non-uniformisée entre les différentes modalités d’acquisition.
L’objectif de ce stage est donc de développer un outil de gestion, de traitement et d’analyse des données ihMT centralisé et doté d’une interface graphique facilitant son utilisation. Le soft développé devra en outre permettre une lecture de données sous différents formats (nifti, dicom ou format scanner (e.g. Bruker)), un processing interface sous matlab et un retour de résultats (images paramétriques) utilisables dans différents environnements (IDL, FSL, SPM ...). Les différentes routines de processing sont disponibles, mais seront éventuellement améliorées et mises à disposition dans une interface graphique bien pensée.

Cet outil sera réalisé sous Matlab suivant un cahier des charges défini au préalable. Nous recherchons un candidat physicien ou informaticien de formation ayant une bonne connaissance des méthodes numériques et du traitement de données ainsi qu’un intérêt pour l’imagerie IRM. Une expérience avec Matlab serait indéniablement un atout.