Ingénieur développement logiciel de traitement de l’image pour l’oncologie H/F
Aquitaine, Bordeaux/Talence
Mis en ligne le 16 mars 2016 par Inria (+ d'offres)
Inria
Type de contrat :CDD
Métier :Informatique générale
Type d'entreprise :Autre type d'entreprise (client final)
Localisation :Aquitaine, Bordeaux/Talence
Salaire :de 30 360 €/an à 33 600 €/an
Compétences requises :C++, OpenGL, Python, Qt, Windows
Poste à pourvoir
Thème de recherche : Santé, biologie et planète numériques
Projet : MONC
Mission
Le candidat travaillera sur la mise au point d’un logiciel de traitement de l’image pour l’oncologie.
Descriptif du poste
L’équipe MONC (commune à l’INRIA Bordeaux-Sud-Ouest et l’Institut de Mathématiques de Bordeaux) développe depuis plusieurs années des travaux de modélisation en oncologie ayant pour but de fournir des outils numériques d’aide à la décision aux cliniciens. Ces outils ont pour but de fournir, à partir d’une série d’examens d’imagerie médicale, une prédiction personnalisée de la taille de la forme et/ou de la texture d’une tumeur. La technique a été développée en collaboration avec le département d’imagerie de l’Institut Bergonié à Bordeaux (http://www.bergonie.org) pour prendre en compte la croissance de métastases pulmonaires, hors traitement, puis lors d’un traitement. L’équipe a étendu cette étude vers le cas de métastases hépatiques sous traitement par des thérapies ciblées ainsi que vers la croissance de méningiomes et ceci en collaboration avec le CHU de Bordeaux. Actuellement, l’étude des métastases pulmonaires et hépatiques repose sur un traitement de l’image en 2D obtenu via le logiciel OSIRIX ainsi que sur une série d’outils développés dans l’équipe pour le traitement de l’hétérogénéité. En parallèle, une solution logicielle de segmentation 3D automatique a été développée (Segmentit) dans l’équipe et c’est cette solution qui est utilisée pour l’étude des méningiomes. Segmentit repose sur un modèle déformable itératif et sur la détermination manuelle d’un certain nombre de paramètres. Il produit un maillage surfacique de la structure à segmenter.
La ou le candidat(e) travaillera sur le développement du logiciel SegmentIt avec les objectifs suivants :
1) Rendre ergonomique l’interface utilisateur.
2) Ajouter un outil de segmentation manuel afin de pouvoir corriger le résultat obtenu de façon automatique et/ou de segmenter entièrement manuellement en 2D, avec une reconstruction 3D.
3) Créer des modes de segmentation par organe et tumeur avec des paramètres prédéfinis.
4) Rendre le logiciel portable : Mac OS X, Linux et Windows (actuellement Mac OS X, Linux).
5) L’interfacer avec le logiciel de prévision de croissance de tumeur de l’équipe.
La ou le candidat(e) devra travailler dans l’équipe en relation étroite avec le développeur du gestionnaire de base de données, avec les concepteurs des outils de post-traitement d’analyse de texture et les développeurs des modèles de croissance.
Projet : MONC
Mission
Le candidat travaillera sur la mise au point d’un logiciel de traitement de l’image pour l’oncologie.
Descriptif du poste
L’équipe MONC (commune à l’INRIA Bordeaux-Sud-Ouest et l’Institut de Mathématiques de Bordeaux) développe depuis plusieurs années des travaux de modélisation en oncologie ayant pour but de fournir des outils numériques d’aide à la décision aux cliniciens. Ces outils ont pour but de fournir, à partir d’une série d’examens d’imagerie médicale, une prédiction personnalisée de la taille de la forme et/ou de la texture d’une tumeur. La technique a été développée en collaboration avec le département d’imagerie de l’Institut Bergonié à Bordeaux (http://www.bergonie.org) pour prendre en compte la croissance de métastases pulmonaires, hors traitement, puis lors d’un traitement. L’équipe a étendu cette étude vers le cas de métastases hépatiques sous traitement par des thérapies ciblées ainsi que vers la croissance de méningiomes et ceci en collaboration avec le CHU de Bordeaux. Actuellement, l’étude des métastases pulmonaires et hépatiques repose sur un traitement de l’image en 2D obtenu via le logiciel OSIRIX ainsi que sur une série d’outils développés dans l’équipe pour le traitement de l’hétérogénéité. En parallèle, une solution logicielle de segmentation 3D automatique a été développée (Segmentit) dans l’équipe et c’est cette solution qui est utilisée pour l’étude des méningiomes. Segmentit repose sur un modèle déformable itératif et sur la détermination manuelle d’un certain nombre de paramètres. Il produit un maillage surfacique de la structure à segmenter.
La ou le candidat(e) travaillera sur le développement du logiciel SegmentIt avec les objectifs suivants :
1) Rendre ergonomique l’interface utilisateur.
2) Ajouter un outil de segmentation manuel afin de pouvoir corriger le résultat obtenu de façon automatique et/ou de segmenter entièrement manuellement en 2D, avec une reconstruction 3D.
3) Créer des modes de segmentation par organe et tumeur avec des paramètres prédéfinis.
4) Rendre le logiciel portable : Mac OS X, Linux et Windows (actuellement Mac OS X, Linux).
5) L’interfacer avec le logiciel de prévision de croissance de tumeur de l’équipe.
La ou le candidat(e) devra travailler dans l’équipe en relation étroite avec le développeur du gestionnaire de base de données, avec les concepteurs des outils de post-traitement d’analyse de texture et les développeurs des modèles de croissance.
Profil recherché
Profil recherché
Diplôme de M2 ou d’ingénieur en informatique avec forte composante d’imagerie et IHM. Goût du travail en équipe. Compétences en génie logiciel et conception orientée objet. Grande rigueur dans la conception, le développement et la documentation.
Outils nécessaires : Une parfaite maîtrise du C++ et de la conception orientée objet sera indispensable. Une bonne connaissance de la bibliothèque Qt choisie pour l'interface et des outils associés, ainsi que du standard OpenGL est également un prérequis. Enfin une bonne connaissance de la programmation en environnement Windows sera nécessaire. Des connaissances de base du langage Python retenu pour scripter l'application sont souhaitables. Des connaissances de base en programmation concurrente seraient un plus.
Avantages
Possibilités de restauration sur site
Prise en charge partielle des frais de transport en commun
Pour plus d’informations sur le poste ou transmettre sa candidature, contacter
Thierry Colin, colin@math.u-bordeaux1.fr
Joindre CV, lettre de motivation, recommandations.
Pour des renseignements d’ordre administratif ou en cas de difficulté pour transmettre sa candidature, contacter laure.pottier_schupp@inria.fr .
Durée : 14 mois, poste à pourvoir immédiatement.
Rémunération : 2530 à 2800 brut mensuel selon expérience.
Informations complémentaires
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST).
L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Diplôme de M2 ou d’ingénieur en informatique avec forte composante d’imagerie et IHM. Goût du travail en équipe. Compétences en génie logiciel et conception orientée objet. Grande rigueur dans la conception, le développement et la documentation.
Outils nécessaires : Une parfaite maîtrise du C++ et de la conception orientée objet sera indispensable. Une bonne connaissance de la bibliothèque Qt choisie pour l'interface et des outils associés, ainsi que du standard OpenGL est également un prérequis. Enfin une bonne connaissance de la programmation en environnement Windows sera nécessaire. Des connaissances de base du langage Python retenu pour scripter l'application sont souhaitables. Des connaissances de base en programmation concurrente seraient un plus.
Avantages
Possibilités de restauration sur site
Prise en charge partielle des frais de transport en commun
Pour plus d’informations sur le poste ou transmettre sa candidature, contacter
Thierry Colin, colin@math.u-bordeaux1.fr
Joindre CV, lettre de motivation, recommandations.
Pour des renseignements d’ordre administratif ou en cas de difficulté pour transmettre sa candidature, contacter laure.pottier_schupp@inria.fr .
Durée : 14 mois, poste à pourvoir immédiatement.
Rémunération : 2530 à 2800 brut mensuel selon expérience.
Informations complémentaires
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST).
L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Description de la société
A propos d'Inria et du poste
Inria, institut de recherche dédié au numérique, promeut « l'excellence scientifique au service du transfert technologique et de la société ». Inria emploie 2700 collaborateurs issus des meilleures universités mondiales, qui relèvent les défis des sciences informatiques et mathématiques. Son modèle ouvert et agile lui permet d’explorer des voies originales avec ses partenaires industriels et académiques. Inria répond ainsi efficacement aux enjeux pluridisciplinaires et applicatifs de la transition numérique. Inria est à l'origine de nombreuses innovations créatrices de valeur et d'emplois.
Le candidat sera affecté à l’équipe MONC. Il travaillera sur un projet de réalisation de logiciel d’aide à la décision en oncologie sous la responsabilité de Thierry Colin
Site web : http://www.inria.fr/
Inria, institut de recherche dédié au numérique, promeut « l'excellence scientifique au service du transfert technologique et de la société ». Inria emploie 2700 collaborateurs issus des meilleures universités mondiales, qui relèvent les défis des sciences informatiques et mathématiques. Son modèle ouvert et agile lui permet d’explorer des voies originales avec ses partenaires industriels et académiques. Inria répond ainsi efficacement aux enjeux pluridisciplinaires et applicatifs de la transition numérique. Inria est à l'origine de nombreuses innovations créatrices de valeur et d'emplois.
Le candidat sera affecté à l’équipe MONC. Il travaillera sur un projet de réalisation de logiciel d’aide à la décision en oncologie sous la responsabilité de Thierry Colin
Site web : http://www.inria.fr/