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Bio-informaticien

Rhône Alpes, Lyon (69000) - Référence : IBI 140613
Mis en ligne le 29 septembre 2014 par Viroscan3d (+ d'offres)
Viroscan3d
Type de contrat :CDI
Métier :Informatique générale
Type d'entreprise :Startup
Localisation :Rhône Alpes, Lyon (69000)
Télétravail :Pas de télétravail
Compétences requises :Administration de base de données, Bioinformatique, Programmation orientée objet
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Poste à pourvoir

Type de contrat : CDI

Ville:LYON

Laboratoire:VIROSCAN3D, PME

Nom du contact: Catherine Legras-Lachuer, CEO ViroScan3D


Date de validité:01/10/2014



Description du poste:

Viroscan3D ( [url]http://www.viroscan3d.com/[/url] ) est une jeune société innovante proposant des prestations de service et de R&D de génomique en infectiologie (recherche de pathogènes, identification de bio-marqueurs) à l’aide de technologies haut débit (séquençage nouvelle génération, microarrays).
Son activité est adossée à la plateforme de génomique Profilexpert de l’Université Lyon1.

Viroscan3D recrute un bio-informaticien qui sera chargé de l’analyse de données issues du séquençage NGS et de microarrays dans le cadre des projets de prestation de services de la société.

Mission:

Dans le cadre de votre activité au sein de la société vous serez impliqué dans :

- Le contrôle de la qualité des données obtenues ainsi que la rédaction du rapport qualité.
- La réalisation des analyses bio-informatiques des données moléculaires issues de technologies de génomique (séquençage nouvelle génération, microarrays).
Vous serez notamment amené à réaliser des analyses de transcriptome), génotypage (CGH, altération moléculaires diverses), épigénome (méthylation de l’ADN, ChIP-seq, MiRNome, ChIP-on-chip, RRBS…), métagénomique (microbiomes (amplicons 16S, viromes) ainsi que des assemblages de séquences (séquençage De novo ou re-séquençage).

- La rédaction du rendu de résultats des analyses réalisées.
- La veille scientifique afin de participer à la définition des stratégies d’analyse, de développement et d’évolution de l’activité au sein de la société.
- La gestion du parc informatique.

Pour cela vous serez amené à :

- Utiliser des logiciels d’analyse commerciaux d’extraction de données issues du séquençage NGS associés à la technologie Illumina et des puces à ADN associé à la technologie Affymetrix et Illumina ou d’analyse tels que Ingenuity Pathway Analysis ou Partek, Galaxy, baseSpace.
- Définir les solutions analytiques à mettre en place pour répondre aux problématiques des clients et effectuer des développements (programmation) le cas échéant.
- Créer et interroger des bases de données.

Profil recherché

Profil:

Compétences :

- Niveau Bac+5 en bio-informatique de formation universitaire ou équivalente. Une expérience antérieure en génomique et plus particulièrement en analyse NGS est un plus.
- Les formations Bac+3 avec une expérience significative (3 ans minimum) en analyse NGS seront considérées.
- Maitrise de plusieurs langages de développement et programmation parmi R, Java, Perl (CGI, perl objet), PHP, Html, Javascript, C++, Python, Shell…
- Connaissance des algorithmes pour l’analyse des données Illumina (CASAVA, TopHat, Bowtie etc..) est un plus.
- Compétences de gestion, développement et intégration de base de données relationnelles de type SQL
- Des bases en biologie moléculaire (concepts à la base du transcriptome, du génome et de l’épigénome, séquences et structure des gènes, , bases de données ENSEMBL, NCBI, UCSC, UNIPROT etc..) sont fortement appréciées. Notion en infectiologie sera un plus.
- Des connaissances en statistiques sont un plus.
- Communication écrite et orale, anglais nécessaires
Qualités personnelles
- Autonomie, rigueur, sens de l’organisation et capacité à s’investir dans une équipe, un projet,
- Sens de la communication et du relationnel, capacité à travailler en équipe,
- Interaction multidisciplinaire


Informations contractuelles:

CDI. Début : dès que possible.

Rémunération selon profil et expérience

Description de la société

Viroscan3D est une jeune société innovante proposant des prestations de service et de R&D de génomique en infectiologie (recherche de pathogènes, identification de bio-marqueurs) à l’aide de technologies haut débit (séquençage nouvelle génération, microarrays).
Son activité est adossée à la plateforme de génomique Profilexpert de l’Université Lyon1.

Site web : http://www.viroscan3d.com/

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